2006年智利足球联赛，马蒂亚斯·费尔南德斯帮助科洛科洛夺得当年春秋联赛冠军。 同年12月，他帮助球队杀入解放者杯决赛，但不幸输给墨西哥帕丘卡足球俱乐部。 本次比赛，他在6场比赛中打进9球。
2007年10月，马蒂亚斯·费尔南德斯以约870万欧元的转会费加盟西甲比利亚雷亚尔队。 当时，乙级球队的主教练是皇马主帅佩莱格里尼。 。 2007年1月7日，马蒂亚斯·费尔南德斯在比利亚雷亚尔与瓦伦西亚的比赛中首次亮相西甲联赛。 2007-0赛季，马蒂亚斯·费尔南德斯在西甲出场30次智利足球联赛，打进3球，帮助球队取得队史最佳战绩——第二名。 2009年夏天，马蒂亚斯·费尔南德斯转会至葡萄牙里斯本竞技队。 10月27日，他在里斯本竞技队对阵吉马雷斯的比赛中攻入一球，帮助球队1-1战平对手。 2012年7月28日，意甲球队佛罗伦萨宣布已完成从里斯本竞技队转会智利国脚马蒂亚斯·费尔南德斯。
2016年9月1日智利足球联赛，AC米兰正式宣布租借佛罗伦萨中场球员马蒂亚斯·费尔南德斯。 米兰拥有赛季结束时买断的权利。
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