1995年，在时任福建省委书记贾庆林的倡议下，厦门开始筹建足球俱乐部，以期结束厦门乃至福建没有职业足球队的历史。 这项工作由时任厦门市委书记石兆斌亲自主持。
1996年，前国家队队员、原天津队主教练沉福如出任厦门足球队首任主教练，并率队参加国乙联赛。小组赛，厦门队幸运地参加了最后阶段的比赛，因为对方小组第三名自动被放弃。 然而厦门足球队却没能抓住这个机会，击败了武汉队。 厦门足球队对A、B班的首次进攻失败。
1997年，前大连队主帅张宏根成为厦门足球队第二任主教练。 比前任更不幸的是，张宏根带领的厦门足球队未能小组赛出线，再次被A、B班拒之门外。不过，赛后情况出现了转机，那年年底。 厦门足球俱乐部斥资1680万元收购广东佛山佛斯迪俱乐部，自动获得明年参加AB的资格。
1998年，原国家队主帅顾明昌接手过渡主教练、厦门本土球员、教练陈壮壮的教练组，成为厦门足球队第四任主教练。 队中21名球员来自13家具乐部，厦门足球队是中国最复杂的球队。 在性格冷静、学者教练风格的顾明昌的带领下，厦门足球队在当年的甲乙联赛中取得了6胜10平6负的成绩，积28分。 最终排名第六，创下主场不败纪录。 这个成绩对于首年征战乙级联赛的厦门足球队来说实属不易，但对于建队之初就提出“三年打甲级”目标的厦门市领导来说却难以接受。 于是，1999年，带领大连万达连续夺得联赛两连冠、创造主场50余场不败的前大连队主帅迟尚斌接替顾明昌成为厦门足球队第五任主教练。
1999年是厦门足球队最辉煌的一年。 在迟尚斌的带领下，厦门足球队在联赛伊始就牢牢占据积分榜榜首，提前两轮实现了甲A的目标，并提前一轮夺得甲乙联赛冠军。 当年厦门足球队的成绩为14胜4平4负。
2000年，迟尚斌未能在厦门足球队续写传奇。 历史上第一届甲A联赛，厦门足球队起步高，走低。 最终以6胜5平15负积23分排名倒数第二，重返AB行列。 厦门足球俱乐部于2001年2月8日正式由厦门卷烟厂控股，并获得冠名权。 足球队更名为“红狮”队。
2001年，连胜碧执教厦门红狮队，但战绩不佳。
2002年厦门蓝狮足球俱乐部，林新疆执教厦门红狮队，夺得AB冠军。 由于升降级取消，他没有晋升为AA。
2003年，林新疆执教厦门红狮，但战绩不佳厦门蓝狮足球俱乐部，中途改为厦门吉祥石狮。
2004年，高洪波执教厦门吉祥石狮，中途改为厦门蓝狮厦门蓝狮足球俱乐部，并获得中甲联赛第三名。
2005年，高洪波继续执教厦门蓝狮，夺得中甲联赛冠军，并成功杀入中超。
2006年，高洪波继续执教厦门蓝狮。 期待更多的辉煌。
2007年，因成绩不佳，降级至中甲。
2008年，该团队在没有被公司收购的情况下正式解散。